Arrêt maladie du salarié : droits, obligations, indemnisation et rôle du CSE

Les obligations administratives du salarié en arrêt maladie

Pour éviter toute contestation ou retenue sur salaire, le salarié en arrêt doit respecter trois obligations principales :

Prévenir l’employeur dans les plus brefs délais

Le salarié doit informer sa direction dès le premier jour d’absence par tout moyen (courriel, téléphone, SMS) en précisant la durée prévisible de son indisponibilité.
💡 Secret médical préservé : Le salarié n’a aucune obligation de révéler la nature ou le motif médical de son arrêt à son employeur.

Transmettre les justificatifs dans les 48 heures

• À la CPAM : Transmettre les volets 1 et 2 du certificat médical sous 48h (sauf télétransmission directe par le médecin).
• À l’employeur : Transmettre le volet 3 dans le délai fixé par la convention collective (généralement 48h).

Respecter les règles de sorties et de présence

• Heures de présence obligatoire : En cas d’autorisation de sortie accordée par le médecin, le salarié doit rester à son domicile de 9h à 11h et de 14h à 16h (sauf soins ou examens médicaux).
• Déplacement hors du département : Tout séjour en dehors de la zone géographique de sa CPAM nécessite l’accord préalable du médecin conseil de la Sécurité sociale.

Vie du contrat et droits du salarié pendant l’arrêt

Pendant la suspension du contrat, le salarié conserve plusieurs droits fondamentaux :

Mandat de représentant du personnel et élections

• Électorat et éligibilité : Le salarié en arrêt maladie reste éligible et conserve son droit de vote aux élections professionnelles (par correspondance ou vote électronique).
• Exercice du mandat : L’élu conserve son mandat et doit être convoqué aux réunions du CSE. Toutefois, il ne peut y participer que s’il dispose d’une autorisation expresse de son médecin traitant.

Obligation de loyauté et activités personnelles

Pendant son arrêt, le salarié ne doit pas exercer d’activité concurrente ou préjudiciable à son entreprise. En revanche, l’exercice d’une activité personnelle ou sportive ne constitue pas un manquement à l’obligation de loyauté si elle n’aggrave pas son état de santé (Cass. soc., 1er février 2023, n° 21-20.526).

Démission et avantages en nature

• Démission : Un salarié peut démissionner pendant un arrêt. Le préavis court normalement et n’est pas prolongé par la maladie.
• Transports et avantages : Le salarié conserve les avantages en nature destinés à sa vie personnelle. L’employeur doit rembourser 50 % de l’abonnement de transport en commun dès lors qu’au moins un trajet a été réalisé dans le mois.

Rémunération : IJSS et complément de salaire employeur

L’indemnisation de l’arrêt maladie repose sur deux mécanismes complémentaires :

Schéma de l’indemnisation de l’arrêt maladie ordinaire :

Les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS)

• Délai de carence : 3 jours (versement à partir du 4ᵉ jour d’absence).
• Calcul : 50 % du salaire journalier de base. Depuis la réforme d’avril 2025 (décret n° 2025-160), le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 SMIC (contre 1,8 SMIC auparavant).
• Montant maximal : Le plafond maximal de l’IJSS brute s’établit à 42,97 € par jour.

Le complément de salaire légal de l’employeur (art. L. 1226-1)

Sauf dispositions conventionnelles plus favorables (qui prévoient souvent un maintien de salaire dès le 1er jour), le Code du travail impose un maintien de salaire sous conditions :

• Conditions : Avoir 1 an d’ancienneté, justifier de l’arrêt sous 48h, être pris en charge par la CPAM et être soigné en France/EEE.
• Délai de carence : 7 jours (indemnisation à partir du 8ᵉ jour, sauf en cas d’accident du travail ou maladie professionnelle où l’indemnisation débute au 1er jour).
• Montant et durée :
  – 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours.
  – 66,66 % (2/3) de la rémunération pendant les 30 jours suivants.
  (Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours).

Prévention, contrôles et reprise du travail

Le rendez-vous de liaison et les visites médicales

• Rendez-vous de liaison (dès 30 jours d’arrêt) : Organisé à l’initiative du salarié ou de l’employeur pour anticiper le retour à l’emploi et envisager des aménagements de poste.
• Visite de pré-reprise (dès 30 jours d’arrêt) : Sollicitée par le salarié, le médecin traitant ou le médecin conseil de la Sécurité sociale auprès du médecin du travail pour préparer le retour.
• Visite de reprise obligatoire : Doit avoir lieu dans les 8 jours suivant le retour si l’arrêt a duré au moins 60 jours pour maladie ordinaire (ou 30 jours pour accident du travail).

La contre-visite médicale patronale

L’employeur qui verse un complément de salaire a le droit de mandater un médecin pour contrôler le salarié à son domicile.

• Si le salarié refuse la contre-visite ou est absent en dehors des heures autorisées, l’employeur peut suspendre le versement du complément de salaire.
• Le médecin contrôleur peut également saisir la CPAM, qui est susceptible de suspendre le versement des IJSS.

Congés payés, inaptitude et licenciement pendant l’arrêt

Acquisition des Congés Payés (Loi DDADUE 2024)

• Maladie ordinaire : Le salarié acquiert 2 jours ouvrables de CP par mois d’arrêt (plafond à 24 jours ouvrables par an).
• AT/MP : Le salarié acquiert 2,5 jours ouvrables par mois d’arrêt, sans limitation de durée.
• Report de 15 mois : Les congés non pris sont reportés pendant 15 mois à compter de l’information écrite délivrée par l’employeur au retour du salarié.

⚠️ Fin du délai rétroactif : Le délai exceptionnel de réclamation rétroactive des congés payés passés (période 2009-2024) pour les salariés en poste s’est éteint le 24 avril 2026. Seule la prescription salariale de 3 ans s’applique désormais pour les salariés ayant quitté l’entreprise.

Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?

• Interdiction de principe : Licencier un salarié en raison de son état de santé constitue une discrimination illégale entraînant la nullité du licenciement.
• Exception strictement encadrée : Le licenciement est possible uniquement si l’absence prolongée ou les absences répétées du salarié perturbent le bon fonctionnement de l’entreprise ET rendent indispensable son remplacement définitif. C’est à l’employeur d’en apporter la preuve.
• Inaptitude : Si le médecin du travail déclare le salarié inapte lors de la reprise, l’employeur doit rechercher un reclassement après consultation obligatoire du CSE.

Le rôle stratégique du CSE face aux arrêts maladie

Le rôle du CSE ne se limite pas au suivi administratif, il touche directement à la santé et aux conditions de travail :

• Informer et orienter les salariés : Relayez les règles sur la subrogation, les critères du complément de salaire et l’importance des visites de pré-reprise.
• Agir sur les causes profondes (Commission SSCT) : Les arrêts longs sont à 38 % liés aux Risques Psychosociaux (RPS). Analysez les indicateurs d’absentéisme par service pour identifier les surcharges de travail ou les problèmes de management.
• Consultation obligatoire sur l’inaptitude : Donnez un avis éclairé sur les propositions de reclassement formulées par l’employeur après un constat d’inaptitude (art. L. 1226-2).
• Droit d’alerte en cas de licenciements abusifs : Si l’employeur utilise l’absentéisme de manière systématique pour licencier sans justifier d’un remplacement définitif, déclenchez le droit d’alerte pour atteinte aux droits des personnes (art. L. 2312-59).

FAQ – Questions fréquentes des élus du CSE sur l’arrêt maladie

Quel est le plafond des IJSS en 2026 ?

Depuis le 1er juillet 2026, l’IJSS maximale est de 42,97 € bruts par jour, calculée sur la base d’un salaire plafonné à 1,4 SMIC.

Un élu du CSE en arrêt maladie peut-il assister aux réunions du comité ?

Oui, mais à une condition stricte : il doit obtenir une autorisation écrite préalable de son médecin traitant sur son certificat d’arrêt de travail.

Peut-on encore demander le rappel rétroactif des congés payés acquis pendant un arrêt maladie ?

Non. Pour les salariés en poste, l’action rétroactive issue de la loi DDADUE 2024 a pris fin le 24 avril 2026. Seuls les salariés ayant quitté l’entreprise peuvent agir dans la limite de la prescription de 3 ans.

Un salarié peut-il être licencié pendant un arrêt maladie ?

La maladie elle-même n’est jamais un motif de licenciement. Mais des absences prolongées ou répétées perturbant le fonctionnement de l’entreprise et nécessitant un remplacement définitif peuvent le justifier.

Qu’est-ce que le rendez-vous de liaison ?

C’est un échange facultatif entre l’employeur, le salarié en arrêt depuis plus de 30 jours et le service de santé au travail, destiné à anticiper le retour à l’emploi et à proposer des adaptations de poste.

Sources juridiques : Code du travail (art. L. 1226-1 et suiv., L. 3141-21-1, L. 2312-59) ; Décret n° 2025-160 du 20 février 2025 ; Loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 ; Cass. soc., 1er février 2023 (n° 21-20.526).